Ausgerechnet Haydn, der sich so sehr ein Erste-Klasse- Begräbnis mit einer würdevollen Ruhestätte wünschte, wurde zum Opfer des spektakulärsten Schädelraubs der Geschichte. Der Film beginnt mit Haydns Tod und folgt dem absurden Weg des Schädels. Die jeweiligen kulturhistorischen Hintergründe werden eingeflochten und Hadyns geniales Musikverständnis thematisiert. Parallel dazu beginnt die heutige Spurensuche, die Licht in den Fall Haydn bringen soll. Die Dokumentation geht dem historischen Kriminalfall nach und rollt den "Fall Haydn" mit Hilfe moderner gerichtsmedizinischer Methoden neu auf.